L'incontro, arbitrato dall'olandese Björn Kuipers, ha visto la vittoria degli inglesi che si sono imposti per 2-1 sui portoghesi conquistando per la prima volta in assoluto il trofeo. Il Chelsea ha ottenuto inoltre il diritto di affrontare i vincitori della UEFA Champions League 2012-2013, i tedeschi del Bayern Monaco, nella Supercoppa UEFA 2013.
Il Benfica di Jorge Jesus, proveniente dalla fase a gironi della UEFA Champions League, esordisce nei sedicesimi contro i tedeschi del Bayer Leverkusen, che vengono sconfitti con un risultato complessivo di 3-1 tra andata e ritorno. Agli ottavi di finale i francesi del Bordeaux capitolano in entrambi i match, 1-0 in Portogallo con rete di Rodrigo e 3-2 in Francia con gol di Jardel e doppietta di Cardozo, per un totale di 4-2 nel computo finale. Ai quarti gli inglesi del Newcastle Utd vengono battuti con un aggregato complessivo di 4-2 nel doppio confronto. In semifinale i turchi del Fenerbahçe, dopo aver vinto 1-0 al Şükrü Saraçoğlu, vengono sconfitti con un netto 3-1 all'Estádio da Luz grazie alla doppietta di Cardozo e alla rete di Gaitán. I portoghesi raggiungono per la seconda volta l'atto finale della competizione, a distanza di trent'anni dall'ultimo disputato.
Il Chelsea di Rafael Benítez (subentrato a Roberto Di Matteo nel mese di novembre), campione d'Europa uscente e proveniente dalla fase a gironi della UEFA Champions League, esordisce nei sedicesimi contro i cechi dello Sparta Praga e dopo aver vinto 1-0 in Repubblica Ceca con gol di Oscar, si qualifica al turno successivo grazie al pareggio in extremis (1-1) di Hazard nella gara di ritorno a Londra. Agli ottavi di finale l'urna di Nyon sorteggia i rumeni dello Steaua Bucarest che, dopo essersi imposti 1-0 in Romania, vengono sconfitti con un netto 3-1 allo Stamford Bridge. Ai quarti i russi del Rubin Kazan', capaci di eliminare in precedenza i campioni uscenti dell'Atlético Madrid, vengono battuti con un risultato complessivo di 5-4 tra andata e ritorno (vittoria 3-1 in Inghilterra e sconfitta 3-2 in Russia). In semifinale gli svizzeri del Basilea vengono superati con un aggregato totale di 5-2 nel doppio confronto. Per i Blues si tratta della prima finale assoluta in questa competizione, diventando inoltre il primo club della storia a raggiungere l'atto finale dell'Europa League in qualità di detentore della Champions League.
Nella finale di Amsterdam è il Chelsea a passare per primo in vantaggio con Fernando Torres, che al 60' raccoglie un buon passaggio in profondità del compagno Juan Mata, si invola verso la porta del Benfica, aggira Artur Moraes ed insacca la rete del momentaneo 1-0. La risposta dei lusitani non si fa attendere, otto minuti dopo Óscar Cardozo ristabilisce la parità trasformando un calcio di rigore, assegnato dall'arbitro Kuipers in seguito ad un tocco con la mano in area di rigore dei Blues da parte di César Azpilicueta; il quale blocca irregolarmente un colpo di testa di Eduardo Salvio. Successivamente sia il Benfica che il Chelsea vanno vicinissimi alla rete del sorpasso, rispettivamente con Cardozo e Frank Lampard (che colpisce una clamorosa traversa). Proprio nel momento in cui la gara sembra protrarsi ai supplementari, gli inglesi trovano il 2-1 al 93' grazie ad un gran colpo di testa di Branislav Ivanović, abile nello sfruttare un calcio d'angolo battuto da Mata.
La partita termina con il Chelsea che si aggiudica per la prima volta la UEFA Europa League, diventando il quarto club europeo, dopo Juventus, Ajax e Bayern Monaco, a vincere tutte e tre le maggiori competizioni UEFA (UEFA Champions League, Coppa delle Coppe UEFA e UEFA Europa League).
Inoltre i Blues diventano i primi a vincere l'Europa League da detentori della Champions League, oltre che a divenire la prima squadra campione d'Europa ad essere eliminata nella fase a gironi della Champions League nella seguente stagione calcistica. Gli inglesi diventano anche i primi a vincere, in ordine temporale, la Champions League (2011-2012) e l'Europa League (2012-2013) in due stagioni consecutive (le altre due squadre capaci di questa impresa sono, in ordine, il Liverpool ed il Porto, che però vinsero prima la UEFA Europa League e poi la UEFA Champions League), diventando di conseguenza l'unico club del vecchio continente a detenere contemporaneamente, anche se per breve tempo, entrambe le competizioni europee.